Agentúra rozvoja vodnej dopravy vznikla zo zákona č. 556 zo 14. decembra 2010, ktorým sa mení a dopĺňa zákon č. 338/2000 Z. z. o vnútrozemskej plavbe a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov a o zmene a doplnení niektorých zákonov.
V zmysle uvedeného zákona:
Agentúru riadi a za jej činnosť zodpovedá riaditeľ agentúry, ktorého vymenováva a odvoláva minister dopravy a výstavby Slovenskej republiky. Agentúra je zapojená na rozpočet Slovenskej republiky prostredníctvom kapitoly ministerstva.
Agentúra
a) zabezpečuje
- rozvoj a modernizáciu vodných ciest v súlade so schválenou dopravnou politikou,
- prípravu a realizáciu výstavby a rekonštrukcií súčastí vodných ciest a ďalších stavieb potrebných na prevádzku vodnej dopravy na vodných cestách, na ich správu a údržbu a obstaranie ďalšieho majetku potrebného na správu a údržbu vodných ciest,
- podklady na spracovanie koncepcií v oblasti sledovaných vodných ciest a výhľadovo sledovaných vodných ciest po vzájomnej dohode so správcom vodného toku,
- propagáciu vodnej dopravy,
b) spracováva podklady, návrhy a zdôvodnenia na získanie a účelné rozdelenie finančných prostriedkov na investície do vodných ciest,
c) koordinuje a zabezpečuje opravy, rekonštrukcie a modernizácie súčastí vodnej cesty,
d) realizuje pilotné projekty rozvoja intermodálnych dopravných osí,
e) podieľa sa na vývoji a implementácii nových technológií a prevádzkových systémov pre vodné cesty,
f) vykonáva vo vzájomnej súčinnosti s príslušnými orgánmi štátnej správy činnosti podľa písmen a) až e).
Agentúra je povinná pred začatím výstavby súčastí vodných ciest a ďalších stavieb potrebných na prevádzku vodnej dopravy na vodných cestách dohodnúť zmluvne budúceho správcu. Dňom vydania kolaudačného rozhodnutia prechádza bezodplatne správa stavby na príslušného správcu.